Durante il governo dello Shogun Yoshimasa il Giappone vide lo sviluppo dell'Higashiyama bunka, un movimento culturale fortemente influenzato dal Buddhismo Zen, che diede origine alla cerimonia del tè, all'arte Ikebana, al teatro Nō e alla pittura ad inchiostro.
Nel 1473, Yoshimasa abdicò in favore del figlio Yoshihisa e nel 1485 divenne monaco buddista zen.
Yoshimasa, nipote di Ashikaga Yoshimatsu il quale aveva costruito il Kinkaku-Ji (tempio del padiglione d'oro), volendo lui stesso ricreare un edificio simile, ne inizio i lavori nel 1482; il Kannon-den è di fatto l'edificio principale composto da due piani.
L'intenzione iniziale era quella di ricoprire tutto l'edificio in lamine argentate, da qui il nome Padiglione d'argento, ma questo non avvenne mai. 
Alla morte e per volontà dello stesso Shogun Yoshimasa nel 1490 l'intero complesso venne convertito in Tempio Buddista Zen cui venne dato il nome di Jishō-ji.
Oltre alla nota struttura è presente nel complesso lo stagno armonizzato con il giardini, un giardino roccioso e un giardino di sabbia su cui spicca un cumulo di sabbia perfettamente modellato quale simboleggiante il Fuji yama.

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